Начнем с того - что не работает, не говоря уже об улучшениях.
1. Обратные ссылки, если они имеют вес, то можно было бы и сделать, за года 4..
Вобще я не понимаю, лично для себя политику такой крупной компании как Яндекс, зачем убирать функционал, старых обратных ссылок с яндекс веб-мастера, если новый функционал будет пилиться сколько? Лет пять? Это лет пять уже только прошло, а еще наверное нужно лет пять. Почему бы не сделать сначала новые обратные ссылки, а потом только закрывать старые?
2. Тормоза с sitemap,xml, делаешь переезд сайта, создаешь новые домен, добавляешь туда метрики, сайтмап, и тд.
И потом яндекс веб-мастер начинает оповещать, каждый день, в течении 1-2 недель, что не добавлен sitemap, хотя он был добавлен с первые же минуты добавления домена...
3. Favicon, это вобще больная тема, не понятно как боты его обнаруживают и какие. Видел даже специально отдельного бота, который обнаруживает Favicon... Нельзя ли это сделать одним ботом? Ну или пусть будет как сейчас, но что собственно напрягает, в веб-мастер яндекса, на протяжении 1-2 недель приходит сообщение, что на сайте нет иконки, добавьте, Хотя по факту иконка есть, но спец.робот иконок даже не заходил на сайт..... Тупняк, который бесит.
4.
Здравствуйте! Отвечу по порядку :)
1. Мы дорабатываем текущие процессы получения и обработки данных, поэтому в разделе «Ссылки» отображаются только неработающие ссылки. Пожалуйста, дождитесь окончания работ.
2. Поисковому роботу нужно время, чтобы обработать новый файл sitemap и обойти ссылки из него. Как правило, файлы, добавленные в сервис Яндекс Вебмастер, начинают обрабатываться роботом в течение 2-х недель. После этого информация в Яндекс Вебмастере обновляется и уведомление пропадает автоматически. Если само наличие такого уведомления вас беспокоит, то вы вполне можете его игнорировать.
3. Похоже, упускаю важные детали. Пожалуйста, пришлите ссылку на ваш сайт и сделайте несколько скриншотов — так я увижу, как выглядит страница у вас.